In der Gemarkung Jesenwang siedelten Menschen des Mesolithikums, des Neolithikums, vermutlich der Hallstattzeit und der Latènezeit. Aus der Latènezeit gibt es als Einzelfund einen eisernen Doppelpyramidenbarren. Untertägig sind außerdem Siedlungsfunde und ein Brandgräberfeld der römischen Kaiserzeit (u. a. römischer Kalkbrennofen) gemacht worden. Zudem sind drei frühmittelalterliche Reihengräber nachgewiesen sowie eine Siedlung des Frühmittelalters mit Pfostenbauten und Grubenhäusern.
Jesenwang mit den Ortsteilen Pfaffenhofen und Bergkirchen ist erstmals 773 als „Oasinwanc" urkundlich erwähnt. Die durch einen bajuwarischen Priester gestiftete Pfarrei kam 1314 durch eine Schenkung des Freisinger Bischofs Gottfried zum Kloster Fürstenfeld. 1414 wird der Grundstein für die Wallfahrtskirche St. Willibald gelegt, im Jahr 1712 verloben sich die Jesenwanger anläßlich einer Pferdeseuche diesem Heiligen. Dieses Gelübdes wird bis zum heutigen Tag beim Willibaldsritt gedacht. 1779 wird die Michaelskirche umgebaut.
Das Kloster war bis zur Säkularisation 1803 auch ein wichtiger Grundherr. Der Ort gehörte zum Rentamt München und zum Landgericht Landsberg des Kurfürstentums Bayern.
Nach Gründung der politischen Gemeinde 1818 entstand 1825 das erste Schulhaus. Seit 1978 gehört Jesenwang mit dem Ortsteil Pfaffenhofen als selbständige Gemeinde zur Verwaltungsgemeinschaft Mammendorf.
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